Обчислювальний грід-кластер
Інституту теоретичної фізики ім. М.М. Боголюбова НАН України

Документація

Вхід до системи

Intel Cluster Toolkit

Даний документ описує роботу користувачів ІТФ з встановленим на кластері пакетом Intel Cluster Toolkit Compiler Edition.

Даний документ не є вичерпним керівництвом з можливостей пакету та прийомів його використання в ньому лише описується, яким чином утиліти пакету можуть бути запущені на кластері ІТФ. З повним керівництвом користувача можна ознайомитися на сайті розробника на сайті розробника (доступні російська та англійська мови).

З усіма питання щодо використання кластеру ІТФ та встановленого на ньому програмного забезпечення звертайтеся за однією з адресс pelyh@grid.bitp.kiev.ua, alitovchenko@bitp.kiev.ua чи svistunov@bitp.kiev.ua.

Зміст

1. Загальні зауваження
2. Компілятори
3. Бібліотека паралельних обчислень MPI
    3.1 Бібліотека паралельних обчислень MPI через grid

1. Загальні зауваження

1. Усі користувачі кластеру ІТФ мають доступ до використання інструментарію Intel.
2. Запуск ресурсомістких MPI-задач в обхід системи черг PBS дозволяється лише з метою відладки.

2. Компілятори

1. Для того, щоб використовувати компілятори Intel C/C++ та Intel Fortran, необхідно налаштувати оточення запустивши спеціальний скрипт:

Команди наведені для оболонки bash. Якщо ви використовуєте оболонку tcsh, вам потрібні скрипти з тим же ім'ям але з суфіксом .csh

Замість команди "." можна використовувати команду "source" що є еквівалентом. Ці скрипти приймають у якості аргументу архітектуру системи, для якої буде виконуватися компіляція (у наведеному прикладі це "ia32" - 32-бітна Intel-архітектура). Головний вузол кластеру (clusterui) має 32-бітну архітектуру, але обчислювальні вузли, що складають кластер, є 64-бітними (intel64). Якщо ви бажаєте скомпілювати вашу програму для цієї архітектури, ви повинні перейти на один з внутрішніх вузлів за допомогою команди:

ssh a20

після чого знову запустити скрипт ініціалізації (внутрішні вузли мають номери від 20 до 31). Після ініціалізації вам доступні команди:

3. Бібліотека паралельних обчислень MPI

1.Ініціалізація оточення для використання бібліотеки MPI від Intel виконується командою:

[user@clusterui ~]. /opt/intel/mpi-rt/3.2.0.011/bin/mpivars.sh

(.csh для відповідної командної оболонки, та "bin64" для 64-бітної архітектури обчислювальних вузлів). Після виконання цієї команди ваше командне оточення є налаштованим на запуск та компіляцію програм, що використовують стандарт MPI. За подробицями звертайтеся до відповідного керівництва на сайті розробника.
2.Запуск MPI-завдань у системі черг PBS описаний у керівництві користувача системи PBS.

3.1 Бібліотека паралельних обчислень MPI через grid

Користувачі grid-сегменту НАНУ мають змогу використовувати встановлену на кластері ІТФ бібліотеку паралельних обчислень Intel MPI для своїх розрахунків. Для цього необхідно вказати у файлі опису grid-задачі мовою xrsl два параметри:

<< наверх >>